消毒就是杀灭外界环境中病原微生物，切断疫病的传播途径，达到预防疫病的发生和传染的目的。在进行环境消毒前，要清除环境污物，保持鸭舍及周围环境卫生，定期进行消毒，同时对水源也要进行消毒。鸭舍及活动场所地面可用1％－3％火碱溶液或3％－5％来苏儿溶液进行消毒，正常每隔1个月消毒１次， 如果周围疫情严重，也可增加消毒次数。食槽、用具等可用1:1500的消特灵、百毒杀等溶液浸泡消毒。在进雏前，应在门窗密闭的状态下，采用每平方米福尔马林42毫升、高锰酸钾14克、水5毫升进行熏蒸消毒4－8小时，消毒后要打开门窗、 通风换气以后才能入雏。种蛋的消毒，一般是当天产下的种蛋，采用每立方米空间福尔马林42毫升、高锰酸钾21克、水5毫升熏蒸20分钟， 对入孵１天的种蛋每立方米空间用福尔马林28毫升、高锰酸钾14克、水5毫升熏蒸20分钟即可。

定期在鸭舍内喷雾10～50倍活力99保健液，以增加鸭舍内的有益微生态群，提高免疫力，同时也有清除臭味的效果。