1、使用益生菌没有任何副作用，不仅可以抑制有害细菌，而且不象使用抗生素那样会促使有害细菌产生耐药性。
1.1 益生菌抑制有害细菌，和抗生素抑制有害细菌的方式不一样。
几乎找不到使用益生细菌的弊端在哪里，它是纯生物制剂，几乎是没有副作用的，我也想不出有什么副作用。它不象抗菌素那样，在生理和代谢途径中抑制有害细菌的，抗菌素之所以会使细菌产生耐药性，就是因为有害细菌会相应地改变代谢方式，来防止被抗菌素抑制，而改变代谢方式对有害细菌来说是很容易做得到的，只要有几个变异细菌适应了抗菌素的作用，则它们会被保留下来，并不断扩大繁殖，从而最终产生了耐药性。
而活力99生酵剂中的益生细菌对有害菌的抑制作用不是象抗菌素那样通过生理和代谢途径来抑制有害细菌的。益生细菌是通过改变环境条件（如产酸并大副度降低环境PH值，二是迅速造成厌氧环境，三是还有就是通过自身的繁殖迅速消耗同样的营养养分，来竞争性地抑制有害细菌，四是，抢占肠道附着点，也是竞争性地抑制有害细菌，五是产生次生代谢产物如生物抗菌素来抑制有害细菌）。如上所述，主要的抑制作用还是在竞争性抑制上面和改变环境条件上面。这两点不会造成有害细菌的耐受性的产生，也不会促进有害细菌的变异发生。有害细菌要适应益生细菌造成的环境的条件变化，是很难的，有害菌要适应新环境，需要自我改造的地方太多（其中也包括要改变代谢方式和能量的获得方式等），所以有害细菌是很难一下子达到目的的，不象改变代谢方式那样容易。
换句话说，活力99生酵剂中的益生细菌对有害细菌的抑制作用是从长计议的，是从环境的改变着手，而有害细菌形成的对某些环境条件的依赖（如只适合在中性偏碱环境中生存，大多为好氧等）是几亿年进化过程中逐步形成的，不是一朝一夕才形成的，要改变其本质是很难的，所谓积习难改，当然用益生细菌来抑制有害细菌，其过程是比较缓慢的，因为有益细菌要造成环境的改变，需要一定的时间和过程，而抗生素的作用是临时的，但是作用是非常快和迅速的，可以迅速阻断有害细菌的某一代谢途径中的环节，让其无法获得能量和营养，代谢无法进行下去等，从而迅速杀灭有害细菌，但细菌可能在长期使用同一种抗菌素时，会通过改变代谢方式等方法，来适应它，并最终产生耐药性。
2、饲料中预防级别的抗生素用量，与活力99生酵剂中的有益菌反而有协同作用；而治疗时使用的抗生素剂量则对活力99中的有益菌有抑制作用。
使用发酵剂几乎没有什么后遗症之类的问题，如果仔细找，也只能说在使用抗生素治病的时候，如果大量使用益生细菌，可能会减少抗生素的药效，也只是可能，因为必竟都是细菌，有时候某些方面如结构相似方面，会影响抗菌素的使用效果。所以，大量使用抗菌素治病时，要先停用活力99保健液一段时间，当然，全价饲料中的那些预防性质的抗菌素用量，反而与活力99保健液有协同作用，这是因为：
在大多数情况下（指饲料中添加的抗菌素剂量小，只是预防级别的添加量时），抗菌素与活力99生酵剂和粗饲料降解剂中的益生菌有协同作用,没有抑制作用,少数情况下如治病的时候,用治疗级的大量的抗菌素时,才会有影响,但也只是单方面的单向影响,即抗菌素对活力99生酵剂中的益生菌的影响,反过来则益生菌对抗菌素的影响极小.，或者说可能对抗菌素的效果有影响。
这是因为虽然理论上看，抗菌素对细菌有抑制作用，但必竟抗菌素的设计，研究，生产都是针对有害细菌的，有些抗菌素简直就是为了某些病菌量身定做的，有害细菌与益生菌在结构上有很多不同，很多抗菌素是针对细菌的细胞壁和鞭毛等来设计附着性抑杀的抗菌素分子的，而在细胞壁等结构方面，有益菌与有害菌区别较大，所以，大多情况下，抗菌素只对有害细菌有强烈的抑杀作用，而对有益细菌的抑制性较少（不能说完全没有抑制，只是较小）。
那为什么说，全价饲料中的抗菌素与活力99生酵剂中的益生菌反而有协同的作用的，不是说多多少少有点抑制吗？一是如上所述，抗菌素主要还是针对有害细菌的，对有害菌的杀灭作用更大得多，二是因为全价饲料中的抗菌素是预防级量的，对益生菌的作用极小，三是因为有害细菌被抑杀后，在动物的肠道中，可以迅速让有益细菌占据优势地位，也就是说，原来可能有害细菌占优势，加了抗菌素后，有害细菌被抑制度了，这让有益细菌有填补的机会（必竟有益细菌，如保健液是天天都要加到饲料中的），从而迅速占据肠道中的附着点。这就是预防级别的抗菌素与有益细菌的协同作用。
这也就是为什么说，在养鱼中施用光合细菌时，如果先用消毒剂对池塘消毒处理后，再施用光合细菌，效果是最好的原理。
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