真菌病在南美白对虾幼体培育中危害极其严重，真菌污染幼体后24-48小时100%死亡。 
1、真菌发生机理 
    南美白对虾幼体真菌病是由链壶菌引起的，该病菌可营寄生生活，也可营腐生生活。根据镜检，其入侵途径为病菌的动袍子附著于幼体表面，通过形成的萌发管，菌丝在幼体组织内不受限制地生长，形成不规则、不分隔的菌丝分枝，有些菌丝的细胞质内含有折射能力强的小油滴。病程较长时，菌丝体取代幼体大部分肌肉及其他软骨组织。体内充满菌丝后，病原菌开始行芽胞性生殖，靠近体表的菌丝向体外伸出排放管，末端形成顶囊，营养体从排放管由内向外流动，使形成的顶囊逐渐增大，顶囊形成后不久，其顶囊内的“质粒”开始运动，动泡子的形状趋于明显，运动速度加快，直到放出大量动孢子。从“质粒”即动抱子运动到放散，一般需20分钟左右，动孢子分散在水中运动一段时间后停止，有的附着于幼体表面，再次感染新的幼体：有的附着于有机物上，营腐生生活。 

2、病症 
   南美白对虾各期幼体大小皆比中国对虾同期幼体小，无节幼体体长小于0.5毫米，该期最易受真菌的感染，其次是蚤状幼体。发病的幼体活力差，趋光性弱，变态时间长，身体粘污严重。附肢刚毛卷曲，有的幼体体表附着大量的动孢子。无节幼体间歇运动停留时间长，卵黄松散，尾棘部分或全部脱落，体内菌丝不明显，蚤状幼体肠胃空，腹部弯曲，体色发白，体内尤其是头胸甲纲状菌丝明显。该病原菌在体内繁殖速度快，从幼体活力减弱到幼体死亡一般只需8-10小时。 

3、防治方法 
①将死卵和活力弱的幼体及时分开 
     南美白对虾无纳精囊，为开放式的性器官，卵的总体受精率低，一般为10%-30%，未受精卵即死卵占70%-90%。在今年苗种生产和小水体试验过程中采取这种措施，结果无节幼期变态至蚤状I期的成功率在90%以上，而没有采用这种方法的变态成功率只有25%。死卵和活力弱的卵可能是诱发该病发生的主要原因，通过池底吸污和撇苗可将死卵和活力弱的幼体除去。 

②水质处理 
     水质处理包括水的净化处理和消毒。由于病原菌既可营寄生生活，又可营腐生生活，水中的有机物和生物可能携带病原菌，育苗用水需过滤和通过物理的或化学的方法进行消毒处理，杀死水里的病原菌。采取的净化处理流程为：海水沉淀→过滤→臭氧消毒→再过滤。另外亲虾消毒、增强幼体活力、投放预防药物、保持水环境相对稳定、育苗时间提前、加强育苗池和工具的消毒等都可以对预防真菌病发生起一定作用。对真菌病应采取综合预防措施，各种方法配合使用，其效果更为明显。 
    实践证明，经臭氧水处理机处理的海水用来培育南美白对虾幼体，成活率可提高30%以上。 

③药物治疗 
    幼体发生真菌病后，采用移苗和药物治疗相结合，对真菌蔓延有一定的遏止作用。白对虾各期幼体趋光性很强，通过灯诱可进行幼体移池，据有关文献介绍，孔雀石绿，制霉菌素、氟乐灵都可治疗真菌病，治疗效果从Z1到仔虾的成活率为17%。