这也是很多人需要了解清楚的事情，那么，我们先说说如果不处理的坏处是什么：
如果不对动物粪尿、秸秆、有机垃圾进行腐熟处理，则会产生如下后果：
① 第一是如果不处理，直接用做植物的肥料，会造成烧根，秸秆和粪尿中大量的碳氢能量会在土壤中大量发酵，产生高温，并烧坏植物根系，这是物理性烧根，还有由于粪尿中的高浓度矿物质肥素，造成根系局部渗透压过高，从而造成植物根细胞脱水，甚至死亡，造成生理性烧根，而通过发酵，可以螯合化肥料元素，形成初步的缓释肥效，减少生理烧根现象；
② 第二是如果不处理，直接施肥，则对秸秆料来说，由于残留在秸秆中的碳水化合物太多，碳氮比太高，造成在土壤中发酵时，大量争夺土壤中的氮元素，用来繁殖微生物，从而造成植物可利用的氮素缺少，造成植物根苗细小，不强壮，抵抗力弱，易病，产量小，结果率低下等副作用；
③ 第三是如果不处理，直接施肥，则由于残留在粪尿和秸秆中的寄生虫卵大量繁殖，直接对植物本身造成危害，造成当年减产；
④ 第四是残留在粪尿和秸秆中的植物病毒和病菌，大量入侵植物细胞，造成植物病害，直接减产和危害田间生态环境；
⑤ 第五是如果不对它们进行处理，残留在这些物料中的杂草种子会大量发芽生长，增加人工清除杂草的劳动强度，同时，与农作物争夺土肥；
⑥ 我国农民古时就知道对秸秆和粪尿自然堆肥处理，但自然发酵的时间非常长，长达3个月到6个月以上，而现代农业，往往一年种植两茬甚至三茬，而两茬作物之间的时间只有不到2个月，所以，必须使用人工菌种加快秸秆和粪尿的腐熟进程，这也是堆肥快速腐熟剂出现的科学合理的一面。
发酵还可以有效提高发芽率：下图为腐殖质与清水发芽率对比
下图中，使用了各种秸秆腐熟剂发酵的稻草，明显比不用任何腐熟剂发酵的空白组，颜色要黑，腐殖化程度深，同时，失重也更多，把其中的土肥不需要的碳氢化合物发酵掉了
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