有益细菌对猪等动物的作用机理有如下几点：
① 迅速造成肠道内的厌氧环境，从而抑制有害细菌繁殖生长，并促进消化吸收。
② 迅速酸化肠道，从本质上抑杀有害细菌，同时维护肠道内的微生态平衡，增加饲料的消化吸收率，增强抵抗疾病的能力。
③ 竞争性地与有害细菌争夺小肠绒毛上的附着点，从而抑制了有害细菌和病原菌的附着点，使小肠微生态中保持有益菌的绝对优势。
④ 增强猪只的免疫力，由于有益细菌在诱发动物产生抗体上有着相似的地方，但有益细菌不会使动物发病，又能常激发动物产生抗体，所以，也就锻炼和提高了动物的免疫抗病能力。
⑤ 有益细菌本身在动物肠道中进行新陈代谢时，会产生较多的维生素（K、C、B1、B2、B6、泛酸、烟酸、生物素、肌醇和叶酸等）、氨基酸、有机酸、消化酶等，并合成菌体蛋白，这些东西本身是营养物质，能增中动物的生长速度，提高营养供给。
⑥ 发酵中会产生少量酒精，也有促进新陈代谢的作用，并促进生长，增强抗病力。
所有的这些有益细菌对动物的作用原理，就造成了上述发酵糟渣喂猪的表观和内在效果。同时使用的粗饲料降解剂中的酶，则显著促进了动物的消化吸收作用，和利用粗饲料的能力，减少了应激反应等。
⑦ 防止有害物质的产生
由于上述说的微生物制剂可以提高饲料的消化吸收率，所以也就减少了消化道中氨味的产生，和防止的其他腐败物质的产生，研究表明：喂了微生物制剂后可以减少肠道内容物、粪便、门静脉中的氨含量及肠内容中的对甲酚、吲哚、3-甲基吲哚等腐败物质的含量，同时缓解粪便臭味、净化畜禽舍环境，另外，直接喂微生物有益菌，可以在肠道内生长形成致密的膜菌群，形成生物菌屏障，阻止有害物质和废物的吸收。
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