发酵床中层是否长得越多的菌丝效果越好呢？
在发酵床养猪的实践中，经常可以在发酵床的中层，也就是20厘米以下，可以观察到微生物的菌丝，一些用户认为，只有长出的菌丝越多，发酵床的效果越好，养殖户这样认为自然有他的道理：因为长的菌丝越多，说明微生物越丰富，粪便都转化成为微生物菌体蛋白了，猪吃了这些菌丝当然更节省饲料了等等。
俗话说：“外行看热闹，内行看门道”，在养殖户的眼里，微生物就是菌丝，是可以肉眼看得到的，实实在在的；而在微生物内行的眼里，却不完全是这样，或者说：正好相反，并不是发酵床中的菌丝越多越好，菌丝过多反而是不好的现象，是发酵床功能退化的征兆，是过快分解垫料造成需要不断补充垫料增加了成本开支，分解粪便的功能也并非是最好的。
微生物有很多种，简单地说常用的有四大类，即细菌、放线菌、酵母菌、真菌，而真正产生菌丝的只有真菌、放线菌、和少部分的酵母菌（如皮状丝孢酵母、扣囊拟内孢霉酵母、假丝酵母菌等）。但你不能说不长菌丝的细菌和酵母就不是菌体蛋白。
活力99生酵剂中的菌种含较少的放线菌和真菌，所以，用活力99制作的发酵床中长出的菌丝相对稍少，但菌群丰富，营养更容易吸收（发酵床的使用后期会越来越多，也就是说使用时间越长，发酵床中的菌丝慢慢会增多，这是因为长期使用过程中积累的结果，毕竟发酵床是以好氧为主，水份不多的环境，有利于真菌生长）。
尽管前期菌丝不多，但是活力99生酵剂制作的发酵床分解粪便的功能反而更为强大，猪舍的气味更好，产生的菌体蛋白质更多，更好，更有利于猪的消化吸收，这是为什么呢？
因为活力99生酵剂中分解粪便和产生菌体蛋白更多的是靠细菌、酵母菌，及少量放线菌，而细菌只产生菌落，不产生可见的菌丝，酵母菌中则只有如皮状丝孢酵母、扣囊拟内孢霉酵母、假丝酵母菌等产生一点菌丝，同时活力99中的白地霉菌也产生点菌丝，少量的放线菌也产生点菌丝，所以，整体上看活力99发酵床产生的菌丝不多。
但你不能说细菌就不是菌体蛋白，而只有看得见的菌丝才是菌体蛋白啊！恰恰相反，细菌和酵母菌作为蛋白质有更多的优势，往往是这些看不见的细菌和酵母才是菌体蛋白中的姣姣者。
细菌的蛋白质含量是60%以上，酵母菌蛋白质含量在50%以上，而真菌（如霉菌）放线菌的蛋白质含量则在40～50%之间，所以，从蛋白质含量上说：细菌＞酵母菌＞真菌和放线菌。
从细菌壁厚度和质地上看，真菌和放线菌的细胞壁最厚，最难以消化，细菌则最薄，通透性最好，最容易消化，所以，从消化吸收方面看，细菌菌体蛋白质的消化吸收率最好，所以从消化率上看，顺序也是：细菌＞酵母菌＞真菌和放线菌。
从蛋白质的品质上看，细菌的必需氨基酸含量最高，如赖氨酸、蛋氨酸、色氨酸等含量最高，酵母次之，所以，从蛋白质品质上看，顺序仍然是：细菌＞酵母菌＞真菌和放线菌。
从国内外工业化生产菌体蛋白的菌株来看，也是以细菌和酵母菌生产菌体蛋白质的为多，很少有说用霉菌来生产菌体蛋白的。
所以，综上所述，什么微生物菌体蛋白最好，是一目了然的。并非是产可见的菌丝的真菌的菌体蛋白最好。
产生大量菌丝的发酵床并非分解粪便的功能最好。
这是为什么？很简单，这样的发酵床缺少微生物之间的协同合作，如果料层中布满菌丝，则这是一种非常霸道的，排他性的生长方式，基本排除其他微生物的生长（至少在产生密布的菌丝的这一层是这样），所以，这一料层中只有这一种或几种功能相似的产生菌丝的微生物菌体（如放线菌，真菌等），但我们知道分解和同化粪便的微生物，并非是真菌的特长，而同化氨氮、尿酸等粪便中小分子的成分，往往是细菌的特长，当然还有放线菌，说到底，这需要各种微生物之间的分工协作，即形成一个强大的微生态平衡的环境，才能最有效地分解粪便和同化粪便中的成分，产生最多的菌体蛋白，如以细菌为主同化粪便中的小分子营养物质，合成自身菌体蛋白，真菌放线菌等则分解少量大分子物质（分解大分子物质如淀粉、粗纤维、蛋白质才是真菌的特长）产生少量有机营养，供给细菌使用，当然在好氧状态下，也可以同化部分粪便成分，酵母菌的作用处于中间层次，即主要分泌生长因子如特殊维生素、嘌呤嘧啶等等，供给细菌生长所需，促进细菌的繁殖生长，同时酵母菌本身也有较强的同化粪便中的小分子物质的功能。
换句话说：最终同化粪便的还是以细菌为主的微生态群。单靠某几种单菌是成不了气候的。
产生大量菌丝的发酵层影响发酵床的使用寿命，也影响粪便分解同化的功能。
如果发酵床中某一个料层真的布满了菌丝，则这是对发酵粪便不利的因素，因为布满菌丝的直接后果就是影响物质的交换对流，形成板结。
我们知道，微生物的发酵过程需要频繁的物质交换，水分子和空气的通畅对流，而布满菌丝的发酵层是严重影响物质交换的，形成物质交换的屏障，从而影响到粪便的进一步分解利用，这时候不得不利用人工进行铲料翻耙，也就是破坏这些菌丝形成的物质交换屏障，才能使发酵床进一步发挥作用，而使用过活力99生酵剂制作的发酵床的用户可能都知道，这样的翻耙是很少进行的，至少周期上要比传统发酵床要长得多，甚至有反映，活力99发酵床反而可以有使发酵床料层更为疏松的顷向，只是由于猪的踏踩，才不得不定期进行翻耙松料。全州县科益畜牧种养场的发酵床只是几个月一批猪出栏时才对发酵床进行一次大的翻耙，每天只是对极少的猪粪成堆的局部进行一次覆盖而已。
产生大量菌丝的发酵层垫料耗损比较大，经常需要补充垫料。因为土著菌实际上就是山上采集的真菌，我们大家都知道的木耳就是真菌的一种，具有较强分解木质纤维而转化为菌体的能力。要知道我们垫料的作用是消耗掉动物粪尿，而不是生产菌体饲料。那你可能就要问了：将廉价的锯末转换成蛋白不是很好吗？其实，菌丝是含有蛋白，但含水量大，折干的这点蛋白虽然有些效果，但由于能量少，只能起到改善动物消化肠道、消化吸收率、有些促长的效果，过多的食用由于能量不足反而影响生长。最关键是不断地需要添加垫料反而增加人力和成本，违反了发酵床低劳动力的本质。
真菌菌丝分解大分子的功能比较强，在好氧状态下，可以把垫料部分分解，这就造成垫料的损耗，用木屑的情况好一些，因为木屑的木质化程度高，真菌一下子不能分解它，这也是为什么我们强调要使用惰性大一些的物料作为发酵床的主要原料的原因之一。
如果是用秸秆来做发酵床，则垫料的损耗速度更大，更换补充的频率更大。
有人说，把垫料同化成菌丝，让猪采食不是更好吗，至少把不能利用的垫料变成了可口的饲料了！实际情况并非如此的好，大量真菌菌丝除了造成发酵床板结，影响物质交换对流，经常要翻料外，它的适口性并不好，猪不一定会采食，只是拱啃而已，况且它的细胞壁很厚实，吃进去也不一定消化得了。
活力99保健液制作的发酵床则具有优势，基本上只能粪便进行分解同化，对发酵床使用的垫料（木屑等）分解较少，所以，使用寿命更长，补充的频率更少，产生的菌体蛋白质更好消化，适口性更好，气味更香，猪舍也更加不臭。
我们并不排斥真菌所起的作用，当然更不排斥放线菌所起到的作用它们至少能在发酵床水份缺少的时候起到调节生长作用（补缺拾遗的作用）。
所以，最好的状态是，发酵床中层有少量菌丝，但菌丝之间不连接成片，更不连接与板结状态，最好只是放线菌和假丝状酵母菌的松散状态的菌丝，即菌丝间连接不紧密为最好。细菌则是主要的分解同化粪尿的主力军，由于细菌多有鞭毛，在低渗透压环境中活动能力强，渗透力强，（分解同化粪尿主要是在低渗透压的游离水溶液中进行），活力99生酵剂中的细菌酵母等的附着力也强，可以强力附着在垫料表面进行作用，真菌放线菌等则由于含有高分子酶的能力，可以深入垫料内部，为细菌酵母提供少量可利用糖类和氨基酸，此时四大类菌种协调合作，起到最大的分解和同化粪尿的作用。
因此，当你的发酵床发现很多白色的菌丝，且垫料很容易板结，几天就要翻动一次，几乎每个月、甚至十来天都要补充新垫料，这就是你采用的菌种包含了大量分解垫料木质素的真菌，会严重影响发酵床的使用寿命、增加了人工量、提高了不断补充新<
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