1.菌种提纯
（1）选择性培养基
光合细菌适宜PH值在8.0左右，在9-10的高碱度情况下仍能生长，而一般杂菌适宜的PH值在7.2-7.6左右。若把菌液的PH值调节至9.0，杂菌难以耐受甚至死亡，而光合细菌则可以承受并能生长。这样可
筛除一部分杂菌。
（2）选择优质菌种
细菌的生长繁殖一般按倍数的规律增长。假设菌种内的杂菌含量较高，培养几次后，它们在菌液中的比例不会减小，有些杂菌的生长速度较光合细菌快，比例可能还会增大。老化的光合细菌活性较差，菌液内的有害代谢物质较多。宜春专利中心提供光合细菌发生剂。
因此，菌种应选用浓度高、活性强、杂菌少鲜紫红色的菌液。
（3）优势接种量
大规模生产过程中，由于水源、容器及空气中的杂菌是不可排除的，因而应加大接种量使光合细菌占绝对优势,这样才能培养出高质量的菌液。光合细菌含量高了,还能释放抑菌酵素，抑制一些杂菌的生长。
究竟多在接种量为好呢？实践证明，正常的接种量应不低于1：5，即菌种1份(30亿级)，培养液5份；培养液不调PH值和提纯菌种时,其接种量应不低于1：1,即菌种和培养液各一份，这样，培养周期短，质量好，缺点是保种量多。
（4）好氧培养
将菌液用增氧机砂头充氧曝气，培养两天，可有效的抑制一些厌氧菌的生长。
（5）厌氧培养
将菌液装入透明密封容器内进行培养，可有效抑制一些好氧菌的生长。
以上几种方法的综合运用，可将光合菌菌液适当提纯，反复接种，从而使不具备专业知识的用户自已也可以生产出优质菌液。
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