一、乳酸细菌
   一般青贮饲料即是乳酸菌发酵饲料，因此乳酸菌是调制青贮饲料的主角。
   这类细菌分布广泛，种类多，形态不一，有杆状的球状的两大类；有单个、成对、和链状排列的；生化特性也有差别。但不管是乳酸球菌还是乳酸杆菌，都是厌氧菌或微需氧菌，在饲料青贮、发酵开始时就繁殖，到饲料因密封缺氧后仍然能增殖，只是增殖的速度慢一些，而乳酸的生成却多一些，乳酸菌能分解饲料原料中的糖等碳水化合物形成乳酸，引起乳酸发酵。在青贮、发酵饲料过程中，正型和异型乳酸发酵均是同时存在，因此，产物除了乳酸之外，尚有少量的乙醇和二氧化碳CO2等，乳酸本身既是营养物质，又有抑制饲料中其他微生物（如腐败微生物）生长的作用，使饲料能够长期保存下来，乳酸菌是调制饲料过程中的有益细菌，青贮饲料和长效发酵饲料主要是利用它的活动，提高饲料的适口性，营养性和耐贮性。
    乳酸菌不具备分解蛋白质的酶类，因此它不能使蛋白质分解，但需要多种氨基酸作为其自身的氮素营养，所以在青贮、发酵饲料中，原料里的或被其他微生物分解而来的多种氨基酸被乳酸菌利用后，合成了菌体蛋白，能够增加饲料中真蛋白质的含量。
二、醋酸菌
    醋酸菌在自然界中分布也较广，大醋醪，水果，蔬菜，及植物饲料原料表面上都可以找到，为需氧菌，能将糖分解成为醋酸，是醋酸的生产菌，在青贮，发酵饲料中繁殖，产生醋酸，增加饲料的酸度，但青贮饲料因后期缺氧后，醋酸菌即停止活动，直到死亡。
三、肠道杆菌
    这是一类兼性厌氧菌，以大肠杆菌和产气杆菌为主，它们在青贮、发酵中进行异型乳酸发酵，即产物中除了乳酸外，还有醋酸、琥珀酸、氢气和二氧化碳，使相当一部分碳水化合物变成无价值的废物，同时可引起原料中的蛋白质腐败性分解，降低营养价值和适口性，但是，在密闭良好的正常青贮饲料中，因为环境缺氧和酸度增加，肠道杆菌的活动很快受到抑制。
四、丁酸菌
   丁酸菌是一类严格的厌氧性梭状芽孢杆菌，在无氧条件下进行丁酸发酵，它们分解单糖、双糖、乳酸、淀粉、果胶、和纤维素等，产生丁酸、二氧化碳和氢气使饲料发臭，降低青贮料的品质。丁酸发酵的程度是鉴定青贮饲料好坏的重要指标，丁酸含量越多，青贮料的品质越坏，丁酸菌还能利用各种有机氮化物，从而破坏青贮料中的蛋白质，使营养损失。
   丁酸菌广泛分布在土壤中，只要在青贮、发酵饲料过程中避免大量土壤污染，原料中的丁酸菌数量一般是不多的，而且丁酸菌严格厌氧，耐酸性又低，只要在青贮、发酵饲料初期不立即造成严格厌氧环境，又保证乳酸足量积累，则丁酸菌是不能繁殖起来的。如果制作青贮饲料的原料比较细，含水量又高，又是放在缸里，水分不容易流掉，或者青贮原料中含水量过高，则原料的颗粒与颗粒之间、短截与短截之间被水分造成一开始就缺氧，就容易使厌氧的丁酸菌迅速繁殖，产生丁酸，结果，饲料就发臭，所以调制青贮饲料和发酵饲料时，水分都要得当。
五、腐败菌类
   这一类的细菌较多，主要有需氧的枯草芽孢杆菌、马铃薯杆菌、和厌氧的腐败梭菌、兼性厌氧的变形杆菌等。这些细菌大多能使蛋白质、碳水化合物、脂肪等营养物质分解，产生氨气、二氧化碳、甲烷、硫化氢和氢气，不但使青贮，发酵饲料损失大量营养物质，而且还产生臭味和苦味，是制作青贮饲料的有害微生物。
    腐败菌在青贮饲料中数量占主要地位，但它们不耐酸，在迅速足够酸化的青贮料中，腐败菌的活动很快会受到抑制，但若调制不当，青贮窖或塔内空气过多，酸的积累不足以控制这类细菌的生长繁殖时，也会引起青贮料的腐败，制作发酵饲料也有类似的道理。如在加曲或接种微生物发酵饲料中，由于真菌等微生物的迅速繁殖，使腐败菌的生长受到抑制，这是在正常发酵饲料中，腐败菌难以大量繁殖的又一个原因。